La préhistoire se découpe en plusieurs grandes périodes:
Le paléolithique (-50 000 à -12 000:
Les 2 îles japonaises et la Corée étaient regroupées. On assistes au tout début de la sédentarisation.
L'air Jomon(-12 000 à -300):
Le Jomon est à la base le nom des plus anciennes poteries retrouvées. Elles étaient décorées avec des coquillages tressés entre eux. Ces poteries donnèrent le nom à cette période.
C'est aussi le début des dogù (poupée à forme humaine) dont l'une d'elle est la base de la croyance extraterrestre.
Le shintoïsme aurait été fondé le février -660 soit la date du couronnement du premier empereur japonais.
L'air Yayoi (-300 à -250):
Le yayoi est à la base le lieu où ont été découvert les fragment du plus ancien village japonais (dans un quartier de Tokyo).
A cet époque, la technologie venait de Chine en passant par la Corée. C'est ainsi que l'écriture et la métallurgie sont maîtrisé par les japonais.
En 57: c'est la première trace écrite de la part de la civilisation des Han (-250 à 250).
-100: c'est le début du travail du bronze.
L'air Kofun (250 à 538):
Les kofun étaient à la base des tumulus. Autrement dit, des tombes en trou de serrure avec un amas de pierre dessus (comme en Bretagne). Plus les gens étaient riches, plus les tumulus étaient grands.
C'est aussi à cet époque que nait la première famille dominante (clan guerrier qui concurrence l'empereur), les Yamato. Les Yamato et l' empereur se livre une lutte sans merci pour étendre leur pouvoir. C'es aussi la première capital fixe (avant, pour cause de religion, la capital changeait à chaque nouvel empereur). Elle se nome Nara (le kanji signifie capital fixe).
Au 5e siècle, une ambassade japonaise est envoyé en Chine pour ouvrir un dialogue.